概要
プレイヤーが初めて一番最初にプレイするステージ。基本ステージは1から700まであり、最終ステージをクリアし且つ特定条件を満たすとUXステージが解放される。
序盤こそさして苦労せず進めることができるが、次第にステージ難易度が高くなっていき場合によってはアイテム使用が前提となるため、編成の組み方をステージ毎によく考える必要がある。その組成ポケモンに関しても、メインステージで捕獲できるポケモンだけを使うのではどうしても限界が来るので、必要に応じてエキストラステージやイベントステージに登場するポケモンを都度組み込むと良い。
育成推奨＆捕獲推奨ポケモン
メインステージでの育成推奨ポケモン（レベルスキル上げ両方）、及び捕獲推奨ポケモン（捕獲のみで十分使える）
さほど数が多くなく、多くの育成推奨＆捕獲推奨ポケモンはイベントステージで登場する。
| ステージ | ポケモン | オススメ度 （5段階） | 周回 | 備考 |
|---|---|---|---|---|
| ー | 全メガポケモン | ー | ー | 捕獲のみでOK、特にメガゲンガー＆メガデンリュウ |
| 14/621 | アチャモ | ★★★ | 可 | 育成はマフォクシー＆ホウオウでOK |
| 66/623 | ワカシャモ | ★★★ | 可 | 育成はマフォクシー＆ホウオウでOK |
| 109/535 | ハクリュー | ★★★ | 可 | 育成はカイリューでOK |
| 101/409 | ドンファン | ★★★★★ 育成推奨 | 可 | |
| 117/596 | キュウコン | ★★★★★ 育成推奨 | 可 | |
| 129/465 | ゾロアーク | ★★★★★ 育成推奨 | 可 | |
| 234 | ベトベトン | ★★★★★ 育成推奨 | × | |
| 340 | ゴルーグ | ★★★★ | × | |
| 450 | 解フーパ | ★★★★★ 育成推奨 | ▲ | 24週目イベントで捕獲周回可 |
| 540 | カイリュー | ★★★★★ 育成推奨 | 可 | EX10で捕獲可 |
| 546 | ドククラゲ | ★★★★★ 育成推奨 | × | |
| 700 | ゲンシカイオーガ | ★★★★★ 育成推奨 | × |